本发明公开了一种制动回馈装置对供电系统的防逆流控制系统和控制方法，控制系统包括用于设置在供电系统的配电变压器与中压环网连接处、且位于配电变压器出口的用于检测电流方向的防逆流监测装置，防逆流监测装置与SCADA监控系统通讯连接，SCADA监控系统用于与各制动回馈变流器通信连接。本发明利用现有的系统结构，在各防逆流监测点处设置防逆流监测装置，实时检测监测点处配电变压器侧的电流方向，当检测到有逆向电流时，将逆流信号通过SCADA监控系统下发到每个地铁制动回馈装置，控制其减小对中压环网的回馈输出功率直至逆流信号消失。该方法简便易行，根据实际情况智能控制，能够防止供电系统逆流的发生，避免对高压电网的安全可靠运行造成影响。